Las semillas que se utilizan en HHP son las mismas que se usan en la horticultura tradicional. Debe tratarse de sembrar semillas producidas y distribuidas por casas comerciales semilleristas de reconocida trayectoria, pues no deben sacrificarse las ventajas del sistema hidropónico utilizando cualquier tipo de semilla. A excepción de algunas semillas híbridas, como las de tomate, la mayoría de las semillas tiene un costo reducido. Pretender hacer ahorros en los costos de las semillas trae generalmente más
perjuicios que beneficios.
Es importante comprender que la preparación, siembra y manejo de los almácigos es una etapa fundamental en el desarrollo posterior de la planta. Se debe tener mucho cuidado con el sustrato, la siembra, el riego, la regulación de los excesos de luz y temperatura y con la prevención y control de las plantas para obtener plantas sanas y vigorosas que nos garanticen buenos rendimientos en el tiempo adecuado.